Aanvankelijk kerken de in Nieuwdorp en omgeving wonende volgelingen van ds. L.G.C. Ledeboer in Borssele. Vanwege de grote afstand die ’s zondags te voet moet worden afgelegd, verzoeken zij op 12 maart 1907 echter of er voortaan ‘des Zondags een Predicatie onderling mogt gelezen worden’. Dit verzoek wordt ingewilligd. De eerste vergaderplaats in Nieuwdorp bestaat uit twee tot kerk verbouwde woningen in de omgeving van het huidige Oranjeplein. De leesdiensten worden geleid door de ouderlingen uit Borssele. Gaat er ’s zondags in Borssele echter een predikant voor, dan blijven de kerkdeuren in Nieuwdorp gesloten.
Nadat de afdeling in Nieuwdorp voldoende levensvatbaar is gebleken, vindt op 26 augustus 1920 de instituering tot zelfstandige gemeente plaats. Ds. G.H. Kersten gaat daarbij voor. De eerste kerkenraad bestaat uit de ouderlingen Joh. de Kok en W. Moerdijk en de diakenen F. de Kok en H. Murre. Laatstgenoemde vervult tevens het kosterschap. Ten tijde van de instituering bedraagt het aantal belijdende leden 64 en het aantal doopleden 89.
Omdat er al enige tijd gebrek aan zitplaatsen bestaat, betrekt de gemeente in 1921 een nieuw kerkgebouw met ongeveer 200 zitplaatsen aan de Havenweg. Op 22 september neemt ds. Kersten dit kerkgebouw in gebruik. In 1943 wordt er een orgel in de kerk geplaatst, afkomstig uit de Rooms-Katholieke Kerk te Lewedorp. De functie van voorzanger komt daarmee te vervallen. Het orgel – in 1744 gebouwd door Peter Weidtmann uit het Duitse Ratingen – krijgt een plaatsje op een nieuwe galerij achter in de kerk. In de loop der jaren wordt het orgel verschillende keren uitgebreid.
In 1944 vorderen de Duitsers het kerkgebouw voor de opslag van noodrantsoenen. Voor de kerkdiensten wordt dan tijdelijk uitgeweken naar de Nederlandse Hervormde Kerk. Op 30 oktober 1944 wordt Nieuwdorp door de Canadezen bevrijd. Omdat er nogal wat geallieerde troepen in Nieuwdorp gelegerd zijn, wordt het dorp hierna vanaf Walcheren geruime tijd onder vuur genomen en loopt het kerkgebouw zware schade op. Vanwege het gebrek aan bouwmaterialen duurt het verschillende jaren voordat de herstelwerkzaamheden kunnen worden afgerond.
In 1987 wordt besloten het kerkgebouw vrijwel volledig te vernieuwen. Het aantal zitplaatsen komt daarbij op 230. Daarnaast krijgt de kerk een torenspits. Op 23 november 1988 neemt ds. W. Harinck het vernieuwde kerkgebouw in gebruik.
Op 7 oktober 2014 wordt er voor de 145ste keer een beroep uitgebracht. Tot veler verwondering en blijdschap laat ds. A.J. de Waard uit Utrecht negen dagen later weten het beroep te hebben aangenomen. Met zijn komst, op 14 januari 2015, krijgt de gemeente voor het eerst in haar bestaan een eigen predikant. Na tijdelijk aan de Prins Clausstraat te hebben gewoond, betrekt ds. De Waard in december 2015 de nieuwe pastorie naast het kerkgebouw. Na de gemeente ruim vijf jaar te hebben gediend, vertrekt hij in juni 2020 naar Urk.